PM> Install-Package Spire.PDF

using Spire.Pdf;
using Spire.Pdf.Annotations;
using System;

namespace ChangeHyperlink
{
    internal class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            //PdfDocumentのオブジェクトを作成する
            PdfDocument pdf = new PdfDocument();

            //PDFファイルを読み込む
            pdf.LoadFromFile("サンプル.pdf");

            //最初のページを取得する
            PdfPageBase page = pdf.Pages[0];

            //最初のハイパーリンクを取得する
            PdfUriAnnotationWidget url = (PdfUriAnnotationWidget)page.AnnotationsWidget[0];

            //このハイパーリンクのURLを再設定する
            url.Uri = "https://www.jma.go.jp/jma/kishou/know/whitep/3-1.html";

            //PDFファイルを保存する
            pdf.SaveToFile("ハイパーリンクの変更.pdf");
            pdf.Dispose();
        }
    }
}

Imports Spire.Pdf
Imports Spire.Pdf.Annotations
Imports System

Namespace ChangeHyperlink
    Friend Class Program
        Shared Sub Main(ByVal args() As String)
            'PdfDocumentのオブジェクトを作成する
            Dim pdf As PdfDocument = New PdfDocument()

            'PDFファイルを読み込む
            pdf.LoadFromFile("サンプル.pdf")

            '最初のページを取得する
            Dim page As PdfPageBase = pdf.Pages(0)

            '最初のハイパーリンクを取得する
            Dim url As PdfUriAnnotationWidget = CType(page.AnnotationsWidget(0), PdfUriAnnotationWidget)

            'このハイパーリンクのURLを再設定する
            url.Uri = "https://www.jma.go.jp/jma/kishou/know/whitep/3-1.html"

            'PDFファイルを保存する
            pdf.SaveToFile("ハイパーリンクの変更.pdf")
            pdf.Dispose()
        End Sub
    End Class
End Namespace

using Spire.Pdf;
using Spire.Pdf.Annotations;
using System;
using System.Dynamic;

namespace DeleteHyperlink
{
    internal class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            //PdfDocumentのオブジェクトを作成する
            PdfDocument pdf = new PdfDocument();

            //PDFファイルを読み込む
            pdf.LoadFromFile("サンプル.pdf");

            //最初のページの2番目のハイパーリンクを削除する
            //PdfPageBase page = pdf.Pages[0];
            //page.AnnotationsWidget.RemoveAt(1);

            //ドキュメント内のすべてのハイパーリンクを削除する
            //ドキュメント内のページをループする
            foreach (PdfPageBase page in pdf.Pages)
            {
                //ページ内の注釈のコレクションを取得する
                PdfAnnotationCollection collection = page.AnnotationsWidget;
                for (int i = collection.Count - 1; i >= 0; i--)
                {
                    PdfAnnotation annotation = collection[i];
                    //注釈がPdfUriAnnotationWidgetのインスタンスであるかどうかを判定する
                    if (annotation is PdfUriAnnotationWidget)
                    {
                        PdfUriAnnotationWidget url = (PdfUriAnnotationWidget)annotation;
                        //ハイパーリンクを削除する
                        collection.Remove(url);
                    }
                }
            }

            //ドキュメントを保存する
            pdf.SaveToFile("ハイパーリンクの削除.pdf");
            pdf.Dispose();
        }
    }
}

Imports Spire.Pdf
Imports Spire.Pdf.Annotations
Imports System
Imports System.Dynamic

Namespace DeleteHyperlink
    Friend Class Program
        Shared Sub Main(ByVal args() As String)
            'PdfDocumentのオブジェクトを作成する
            Dim pdf As PdfDocument = New PdfDocument()

            'PDFファイルを読み込む
            pdf.LoadFromFile("サンプル.pdf")

            '最初のページの2番目のハイパーリンクを削除する
            'PdfPageBase page = pdf.Pages[0];
            'page.AnnotationsWidget.RemoveAt(1);

            'ドキュメント内のすべてのハイパーリンクを削除する
            'ドキュメント内のページをループする
            Dim page As PdfPageBase
            For Each page In pdf.Pages
                'ページ内の注釈のコレクションを取得する
                Dim collection As PdfAnnotationCollection = page.AnnotationsWidget
                Dim i As Integer
                For i = collection.Count - 1 To 0 Step i - 1
                    Dim annotation As PdfAnnotation = collection(i)
                    '注釈がPdfUriAnnotationWidgetのインスタンスであるかどうかを判定する
                    If TypeOf annotation Is PdfUriAnnotationWidget Then
                        Dim url As PdfUriAnnotationWidget = CType(annotation, PdfUriAnnotationWidget)
                        'ハイパーリンクを削除する
                        collection.Remove(url)
                    End If
                Next
            Next

            'ドキュメントを保存する
            pdf.SaveToFile("ハイパーリンクの削除.pdf")
            pdf.Dispose()
        End Sub
    End Class
End Namespace