PM> Install-Package Spire.PDF

using Spire.Pdf;
using Spire.Pdf.Texts;
using System.Collections.Generic;
using System.Drawing;

namespace HighlightTextInPdf
{
    internal class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            //PdfDocumentのオブジェクトを作成する
            PdfDocument pdf = new PdfDocument();
            //PDFドキュメントを読み込む
            pdf.LoadFromFile("C:/サンプル.pdf");

            //PdfTextFindOptionsのオブジェクトを作成する
            PdfTextFindOptions findOptions = new PdfTextFindOptions();
            //テキスト検索のパラメータを設定する
            findOptions.Parameter = TextFindParameter.WholeWord;

            //文書内のページをループする
            foreach (PdfPageBase page in pdf.Pages)
            {
                //PdfTextFinderのオブジェクトを作成する
                PdfTextFinder finder = new PdfTextFinder(page);
                //テキスト検索のオプションを設定する
                finder.Options = findOptions;
                //指定したテキストを検索する
                List results = finder.Find("時間を超越した宇宙");
                //指定したテキストをすべて強調表示する
                foreach (PdfTextFragment text in results)
                {
                    text.HighLight(Color.GreenYellow);
                }
            }

            //ドキュメントを保存する
            pdf.SaveToFile("テキストの強調表示.pdf");
        }
    }
}

Imports Spire.Pdf
Imports Spire.Pdf.Texts
Imports System.Drawing

Namespace HighlightTextInPdf
    Friend Class Program
        Shared Sub Main(ByVal args() As String)
            'PdfDocumentのオブジェクトを作成する
            Dim pdf As PdfDocument = New PdfDocument()
            'PDFドキュメントを読み込む
            pdf.LoadFromFile("C:/サンプル.pdf")

            'PdfTextFindOptionsのオブジェクトを作成する
            Dim findOptions As PdfTextFindOptions = New PdfTextFindOptions()
            'テキスト検索のパラメータを設定する
            findOptions.Parameter = TextFindParameter.WholeWord

            '文書内のページをループする
            Dim page As PdfPageBase
            For Each page In pdf.Pages
                'PdfTextFinderのオブジェクトを作成する
                Dim finder As PdfTextFinder = New PdfTextFinder(page)
                'テキスト検索のオプションを設定する
                finder.Options = findOptions
                '指定したテキストを検索する
                Dim results As List=  finder.Find("時間を超越した宇宙") 
                '指定したテキストをすべて強調表示する
                Dim text As PdfTextFragment
                For Each text In results
                    text.HighLight(Color.GreenYellow)
                Next
            Next

            'ドキュメントを保存する
            pdf.SaveToFile("テキストの強調表示.pdf")
        End Sub
    End Class
End Namespace